Die Cert-IT wurde gegründet, um dem zunehmenden Fachkräftemangel der IT-Industrie zu begegnen.

Die Cert-IT ist von den Entwicklern des IT Weiterbildungssystems gegründet worden. Die Cert-IT wurde von den Wirtschaftsverbände BITKOM und ZVEI, den Gewerkschaften IG Metall und ver.di sowie den Wissenschaftsorganisationen wie der Gesellschaft für Informatik e.V. und der Fraunhofer Gesellschaft gegründet.

Die Zertifizierungsstelle ist seit 2005 von der Bundesagentur für Arbeit für den Bereich AZAV-Zertifizierungen zugelassen. Seit 2010 ist die Zertifizierungsstelle in allen Bereichen durch die DAkkS zugelassen.